Seratus tahun setelah bencana pergeseran lempeng tektonik yang menyebabkan sebagian besar wilayahnya tenggelam, Jepang kini berkembang pesat sebagai negara maritim. Kota-kota yang berfungsi tinggi melapisi pantai Jepang, dan rute laut yang berkembang dengan baik dipertahankan oleh kapal angkatan laut khusus. Industri kelautan berkembang pesat, dan gadis-gadis muda sangat ingin bergabung dengan Blue Mermaids — gadis-gadis sangat terampil yang mengabdikan hidup mereka untuk melindungi laut.

Setelah beberapa waktu berpisah, teman masa kecil Akeno Misaki dan Moeka China dipertemukan kembali di Sekolah Menengah Marinir Perempuan Yokosuka. Di sini mereka bergabung dengan orang lain yang berbagi impian mereka menjadi Blue Mermaids. Segera, latihan dimulai, dengan Akeno dan Moeka yang bertanggung jawab atas kapal dan awak mereka sendiri. Semuanya berjalan lancar untuk Akeno saat dia menyelesaikan perannya sebagai kapten dan membangun persahabatan antara sesama awak kapal di Harekaze, sebuah kapal penghancur. Namun, kegagalan mesin dan navigasi yang tidak terduga segera membuat kapal mereka terdampar dan awaknya dalam bahaya.

Armada Sekolah Menengah mengikuti kru pemberani Harakaze saat mereka menavigasi perairan berbahaya dan rintangan lain dalam upaya mereka untuk menjadi Blue Mermaids