Suzume, seorang gadis berusia 17 tahun yang tinggal di sebuah kota yang tenang di Kyushu, bertemu dengan seorang pemuda pengembara yang berkata kepadanya, "Aku sedang mencari pintu." Dia mengikutinya dan menemukan sebuah pintu yang sudah lapuk di reruntuhan di pegunungan, seakan-akan pintu itu satu-satunya yang masih berdiri dari reruntuhan. Seolah-olah ditarik oleh sesuatu, Suzume meraih pintu itu...
Tak lama kemudian, pintu-pintu mulai terbuka satu demi satu di berbagai penjuru Jepang. Karena bencana datang dari sisi yang jauh dari pintu, pintu yang terbuka harus ditutup.
Bintang-bintang, matahari terbenam, dan langit pagi-di tempat yang ia masuki, ada langit yang tampak menyatu dengan waktu. Dipandu oleh pintu-pintu misterius, "perjalanan mengunci pintu" Suzume pun dimulai.